Los tres términos suelen usarse de manera indistinta, tienen sus diferencias, aunque todos son programas diseñados para afectar computadoras.

Los virus se ocultan dentro de programas o archivos y se contagian (propagan) de acuerdo a las acciones que se hagan con la computadora que los recibe (ej. se activan al abrir un archivo adjunto contaminado). Tienen diferentes maneras de actuar, y no necesita instalar ningún programa para que su computadora se contamine con ellos. Por ejemplo, algunos virus se propagan sólo con abrir el archivo de texto que los contiene, en especial si su equipo tiene habilitados los macros. Una vez contaminada su computadora, el virus puede adjuntarse a sí mismo en archivos adjuntos que usted envíe, o enviarse a sí mismo como un archivo adjunto independiente.

Un Caballo de Troya es un programa que 'se hace pasar' por otro programa. De manera parecida a los virus, los caballos de Troya están ocultos y suelen producir situaciones no deseadas, como por ejemplo instalar un acceso no autorizado en el sistema de usted, para que los intrusos (hackers) lo usen. Se diferencian de los virus en que no están diseñados para reproducirse o duplicarse a sí mismos.

Los Gusanos se propagan sin que el usuario haga nada, generalmente lo hacen a través de alguna falla en programas o software populares. Una vez activados, los gusanos suelen usar Internet o su LAN (red local) para propagarse a sí mismos, frecuentemente aprovechando las fallas de los programas de correo electrónico: Microsoft Outlook y Microsoft Outlook Express.