No, sólo puedes utilizar una versión de Yahoo! Messenger a la vez.

Si intentas conectarte a Yahoo! Messenger versión Web mientras estás ejecutando la versión instalable, verás una opción para escoger:

• A. Cancelar Si no quieres salir de la versión instalable, o bien
• B. Aceptar Si quieres salir de la versión instalable del Messenger y conectarte a la versión Web.