Seguramente recibiste este mensaje al intentar desinstalar el Messenger mientras seguía abierto o se estaba ejecutando. Para resolver el problema, elimina el directorio Messenger del disco duro (por defecto C:). Después puedes volver a instalarlo sin incidencias.
Ahora deberías poder volver a descargar e instalar el Yahoo! Messenger sin problemas en la siguiente dirección:http://mx.messenger.yahoo.com