La ventana Preferencias le permite configurar la apariencia y funcionamiento de Yahoo! Messenger, las opciones de avisos y los parámetros de firewall y proxy. Entre las opciones de avisos se incluyen cuadros de diálogo, sonidos y avisos en la barra de tareas.

En muchas de las pestañas figuran estas opciones:

• "Avisar mediante icono en la barra de tareas": parpadeará un pequeño mensaje justo encima del logotipo de la Y! roja de la bandeja del sistema. El mensaje permanecerá durante unos segundos y después desaparecerá.
• "Mostrar un mensaje de advertencia": aparece un cuadro de diálogo para avisarle del amigo que acaba de entrar o de salir.
• "Avisar con sonido": se le avisará con un sonido. Puede elegir sonidos diferentes para cuando sus amigos salgan o entren.
• Haga clic en el botón Examinar para cambiar los sonidos o en el icono de la oreja para oír el sonido actual. Si quiere utilizar un sonido concreto (formato .wav), sólo tiene que hacer clic en el botón Browse para buscarlo en el disco duro de su equipo. .